Vườn quốc gia là nơi có cảnh quan Karst đá vôi tuyệt đẹp. Hang động đá vôi St Pauls dưới lòng đất dài hơn 24 km (15 mi) và có một phần ngầm của sông Cabayugan dài 8,2 km (5,1 mi). Con sông chảy trong hang động trước khi đổ ra biển Tây Philippines.[2] Có thể di chuyển bằng thuyền từ biển vào trong hang động khoảng 4,3 km (2,7 mi). Hang động bao gồm các khối thạch nhũ và măng đá lớn là một trong số những hang động lớn nhất thế giới.[3] Phần sau của con sông cách biển 6 km, chịu ảnh hưởng bởi thủy triều. Cho đến khi phát hiện ra sông ngầm tại Bán đảo Yucatán của Mexico vào năm 2007, Puerto Princesa là sông ngầm dài nhất thế giới.[4]

Vườn quốc gia còn bảo vệ tính đa dạng sinh học của các hệ sinh thái khác nhau từ núi cho đến biển và là một trong những khu rừng quan trọng nhất tại châu Á. Nó được UNESCO công nhận là Di sản thế giới vào ngày 4 tháng 12 năm 1999.